El Segundo Doctor fue la segunda encarnación del Señor del Tiempo conocido como el Doctor. Aunque por fuera era cálido, torpe, y un poco payaso, esta versión del Doctor era más oscura y tenía una personalidad más astuta — una que generalmente se mantiene oculta para que se cumplan sus planes.
Viajó con varios compañeros. Tuvo varias aventuras con los compañeros de su anterior yo, Ben Jackson y Polly Wright, antes de añadir al escocés de Highland Jamie McCrimmon. Después de un tiempo, Ben y Polly se fueron y fueron reemplazados por Victoria Waterfield, una mujer huérfana por culpa de los Daleks. Con el tiempo ella también se fue, y el Doctor se hizo amigo de la superdotada Zoe Heriot. En algún momento también viajó con sus nietos, John y Gillian.
Sus aventuras se terminaron cuando su pueblo le llamó por fin en busca de ayuda con las malvadas maquinaciones del Señor de la Guerra. A pesar de que los Señores del Tiempo, efectivamente, le pidieron ayuda, también le condenaron al exilio en la Tierra y a un cuerpo nuevo. La Agencia de Intervención Celestial pudo suspender la ejecución de esta sentencia por un tiempo. Durante estos últimos años de su vida, el Segundo Doctor llevo a cabo diversas operaciones encubiertas de la CIA y vivía con lujo y fama en el corazón del Londres de los 60. Sin embargo, al final, la justicia de los Señores del Tiempo se reafirmó, y el Doctor se vio obligado a regenerarse en su tercer cuerpo.