El Undécimo Doctor fue la última encarnación del ciclo de regeneraciones original del Doctor. En este momento de su vida, la reputación del Doctor había pasado a ser inmensa, lo cual atrajo a un nuevo rango de conflictos. Se convirtió en un individuo reservado y astuto para eludir los peligros que lo acechaban y proteger a sus seres queridos. Se enfrentó durante siglos a sus enemigos, incluyendo un intento de asesinato por parte del Silencio.
Su larga guerra contra el Silencio involucró continuamente a sus acompañantes Amy Pond, Rory Williams y su hija, River Song. Finalmente, la derrota más importante del Silencio requirió que se casara con River en una ceremonia cuya legalidad fue dudosa, aunque ambos la aceptaron como válida.
Cuando el toque de un Ángel Lloroso le separó de Amy y Rory, el Doctor se retiró a la Londres victoriana y se asoció con el “Equipo de Paternoster”. Durante este período, redescubrió a una mujer llamada Clara Oswald, a quién ya había visto morir previamente en un futuro distante; no obstante, ella volvió a fallecer. Fascinado por esta “chica imposible”, se dedicó a resolver el misterio de sus múltiples vidas, llevando con él a la versión contemporánea de Clara como su acompañante. Descubrió que ella formaba parte de su línea temporal, habiendo accedido para poder salvarlo de la Gran Inteligencia. Cuando ella lo hizo, él reveló que tenía una encarnación secreta que había luchado en la Última Gran Guerra del Tiempo.
Junto con su anterior encarnación, el Undécimo Doctor revisitó la Guerra del Tiempo, descubriendo que él y sus otras encarnaciones en realidad habían salvado a los Señores del Tiempo de la destrucción, aunque perdieron los recuerdos relacionados con este suceso y tan solo el Undécimo Doctor retuvo el conocimiento de lo que pasó. Esto permitió que supiera que nunca cometió ningún genocidio y que aceptara a la encarnación que renunció anteriormente, convirtiéndose en la primera encarnación del Doctor en saber la verdad sobre la conclusión de la Guerra del Tiempo.
El Undécimo Doctor se pasó los últimos novecientos años de su vida luchando contra las fuerzas más letales del universo para proteger el planeta Trenzalore, tras lo cual su cuerpo envejeció y se volvió débil. Estuvo a punto de fallecer debido a su edad avanzada, pero Clara convenció a los Señores del Tiempo para que le otorgasen un nuevo ciclo de regeneraciones, restaurando por un instante su juventud e iniciando el proceso de regeneración en su siguiente encarnación, algo que cambió su futuro enormemente.